29. května 1924 továrna Letov předložila MNO nabídku na dodávku 28 zvědných strojů Š-16. Vzhledem k tomu, že u teprve nedávno zavedených Š-6 se projevovaly závady s podvozkem a motory, nereagovalo MNO na nabídku. Druhým důvodem bylo, že továrna měla pracovat na tzv. protekčních letounech - doprovodných stíhačkách, které MNO požadovalo.
Továrna přes zamítavý postoj MNO zahájila v roce 1925 přípravné práce na stavbě prototypu i bez objednávky. Samotná stavba prototypu byla zahájena o rok později a v listopadu 1926 byl prototyp hotov. Už v prosinci byl stroj vystaven na aerosalónu v Paříži a MNO objednalo tři prototypy.
O stroj však projevily zájem i další státy. A tak 21 strojů putovalo do Lotyšska, kam se první letouny dostaly na podzim 1927. Dalším odběratelem se stalo Turecko, které dostalo v letech 1929-30 12 letadel. Tyto stroje se údajně účastnily potlačení povstání na hoře Ararat.
S jedním z Lotyšských strojů vytvořil pilot Ježek světový rychlostní rekord (230,9 km/h) na uzavřeném okruhu 500 km s nákladem 1 000kg. Turečtí letci se třemi stroji podnikli v květnu 1930 dálkový let kolem Turecka v délce 5000 km a stejně dlouhý okružní let východní Evropou podnikly s třemi Š-16L lotyšští letci dva měsíce poté, v srpnu 1930.
Mezitím továrna podnikla další pokus o proslavení letounu Š-16 za hranicemi. Vyslala první prototyp s posádkou pplk. Skálou a čet. Taufrem jako mechanikem k letu dlouhému 12 000 km z Prahy do Tokia. Let probíhal v srpnu a září 1927 a stroj skutečně zakroužil kolem posvátné hory Fudžijamy. Zpáteční cestu však pro poruchu chladiče nedokončili a do Prahy se vrátili vlakem. V témže období se druhý prototyp zůčastnil 1. ročníku závodů Malou dohodou a Polskem. Bohužel i on pro technické poruchy závody nedokončil.
Od listopadu 1927 do března 1928 probíhaly zkoušky dalš prototypů, na základě jejich výsledku byly oba prototypy upraveny a v květnu uznány komisí MNO za vyhovující. Bylo objednáno šest sériových kusů pro další vyzkoušení. MNO se jednak chtělo vyhnout problémům předchozích typů Letova a navíc zkoušelo i konkurenční typ Aero A-30, který trpěl mnoha problémy. MNO tedy chtělo nový stroj důkladně prověřit.
Nakonec byl stroj do armády dodáván ve dvou verzích a to zvědné Š-16 a bombardovací ŠB-16 Celkem bylo čs. armádě v letech 1929 - 32 dodáno 89 strojů obojího provedení. Rozdíly mezi verzemi postupně mizely, protože i zvědné verze byly dovybaveny pumovými zavěsníky. Typ sloužil spolehlivě u všech tehdejších do druhé poloviny 30.let. V roce 1935 byly v rámci reorganizace letectva vyřazeny od bojových útvarů všechny Š-16 a jeho verze jako zastaralé. Byly nahrazeny letouny A-100 a A-101 . Přesto během mobilizace v září 1938 stálo ještě 31 plně vyzbrojených strojů Š-16 ve II. linii.
Typ existoval v několika variantách podle použitého motoru. Letov se také pokusil řešit problém dlouhého startu verzí Š-16R a za zmínku rozhodně stojí plováková verze připravovaná pro Jugoslávii. Nedostatek zkušeností se však neblaze projevil na kvalitě a při zkouškách na jaderském moři prototyp neuspěl.
Dvoumístný, jednomotorový, vzpěrový dvouplošník. Kostra stroje kovová, potažená plátnem kromě duralové kapotáže motoru. Řadový motor, dvoulistá, dřevěná vrtule. Podvozek samozřejmě pevný, s ostruhou.
| Rozpětí | 15,30 m - ft inch |
| Délka | 10,22 m - ft in |
| Výška | m |
| Nosná plocha | 46,40 m2 |
| Hmotnost prázdná | 1230 kg |
| Vzletová | kg |
| Rychlost max./cestovní | 230 km/h- kts |
| Stoupavost | 3,3 m/s |
| Dostup | 7000 m - ft |
| Dolet | 1045 km |
| Motor | Lorraine-Dietrich 12Cc 330 kW / k |
| Výzbroj | 1x pevný 1 x Vickers 7,7 mm pohyblivý 2 x Lewis 7,7 mm |